[Fri Aug 26 18:25:37 2016] >Input file: TMD9WSV8M1D.pdb >TM segments: 272-289_ 297-316_ 320-344 MAIDEN score = -8.8864 Below is the ranking list of the residue pairs and their related pseudo-energy (the lower, the better). This includes inter-chain residue pairs. The maximum (least favorable) pairwise energy value has been set to 10. See the MAIDEN software article: Postic,G., Ghouzam,Y. and Gelly,J.C. (2015) Biochimie, 115, 155–161. ----------- ---------------- Calpha pair Empirical energy ----------- ---------------- L310 -V316 1.23680647443924 R279 -A336 1.01411984428834 L308 -C313 0.891331832810221 L283 -L326 0.850942033956153 L307 -L312 0.689987762422877 L307 -A322 0.63562823943551 F272 -I335 0.622597788613055 G311 -F320 0.619524083025253 L284 -Y343 0.606515624428423 G329 -F341 0.601884424000425 A282 -F327 0.598751603123962 A333 -L338 0.594783354097084 R279 -I335 0.573749586533413 A276 -D332 0.554746086623894 A282 -D332 0.537948534621922 R279 -L338 0.522232360038005 G281 -P328 0.515372453903401 F327 -D332 0.505726241207988 F272 -A336 0.476385834869495 L283 -R325 0.441621850080249 L284 -I340 0.425876818601752 A285 -Y343 0.411988725426927 L310 -F320 0.403524523457683 S331 -A336 0.373640071475636 A282 -L326 0.352815989325336 A275 -S331 0.346287171145473 A280 -S331 0.343511704543228 R279 -P328 0.326311600203282 A276 -A282 0.324919074549434 A276 -I335 0.301046646530902 L326 -V344 0.296488460946826 G297 -G304 0.285776089002308 L303 -A322 0.284543134249444 D332 -V344 0.265104824522205 G309 -A322 0.264047490535645 G329 -N339 0.262254191413686 G309 -V316 0.26038538486964 A276 -A334 0.249671816460538 A275 -A280 0.240810554658086 L284 -P328 0.23965332208163 A282 -A336 0.234237933003945 A280 -A334 0.233300084958755 A275 -I335 0.231413392615195 L307 -A321 0.230107068136499 V277 -I335 0.229403016178819 G281 -A330 0.22582917395421 F305 -A322 0.224485851101474 R279 -A334 0.222059380293303 A282 -G329 0.214224732744249 G273 -R279 0.210831138918703 G287 -Y343 0.20667212020235 G324 -G329 0.203334360733057 L326 -N339 0.192288447857933 G281 -A336 0.185121296259222 G273 -G329 0.18376350079809 T306 -F320 0.182058308079451 M302 -G324 0.18052708041051 G273 -P328 0.179101462042715 F272 -D332 0.173060271127637 G273 -D332 0.166792740030399 T306 -L312 0.158448620280628 G281 -A334 0.152184867071164 A282 -R325 0.151521110659964 A298 -R325 0.148909694359283 A282 -R337 0.148474138236416 F272 -V277 0.147350034688809 A280 -R337 0.147145235901263 A298 -G324 0.144719950847969 F305 -A321 0.144034680098731 A286 -Y343 0.143858251480459 V316 -A322 0.140723619570909 R325 -S331 0.139294651518644 G329 -I340 0.139191584082759 A274 -R337 0.136612059678446 A330 -N342 0.133715503624703 A274 -A330 0.132924448405365 A280 -P328 0.132637883237491 A286 -G297 0.131982669030343 A276 -A330 0.13164261302491 G329 -L338 0.130369636780836 L326 -L338 0.129854684482719 S331 -L338 0.129129921135055 G329 -R337 0.126766086709194 G297 -T306 0.12621630946017 V278 -L283 0.125164827256758 G287 -G297 0.125028232251081 L283 -S331 0.122906980570415 L307 -G324 0.122100710590781 A282 -N342 0.119813857157101 V278 -S331 0.11839604553682 A286 -L326 0.115870233184721 G301 -A321 0.115092627621905 L326 -A334 0.114640074736615 G273 -R337 0.114367804126138 L284 -L338 0.113226907383464 T306 -G311 0.110482151930681 A333 -Y343 0.10978364579411 V278 -A334 0.108816492413513 G311 -V316 0.107449995239568 R279 -R337 0.107446702199836 M302 -G311 0.106635726500267 G301 -L308 0.106147264798816 L308 -V316 0.106132944039278 A285 -N342 0.105596167617842 F327 -N342 0.105361179623042 G281 -A286 0.105113165502015 G281 -A333 0.104116800857968 L338 -V344 0.103219965772948 L284 -A336 0.101525082937707 P328 -L338 0.10090119657087 V277 -A334 0.100721140023538 A275 -N339 0.100362932418654 A285 -G324 0.0972419010122074 G301 -A323 0.0969251558575891 G281 -A323 0.0952611388067794 L283 -G297 0.0944495179666713 A274 -L338 0.0934116208389359 F327 -Y343 0.0931685864520353 A276 -N339 0.0924949440560399 R279 -A330 0.091912326520827 A285 -G329 0.091675083315089 T306 -A323 0.0914138888150138 A274 -G329 0.0903483044760711 G273 -G281 0.0903316059685926 L312 -A322 0.0899794792591053 V277 -A282 0.0899511895704069 C313 -A321 0.0884224424773246 G281 -I335 0.0878523467301904 A275 -L283 0.0877478241594292 A323 -P328 0.0877313655411962 L284 -F289 0.0873938883493035 V278 -L284 0.0859577520627637 V278 -A333 0.0855476513876212 G324 -Y343 0.0855143682264519 G301 -A322 0.0850459029327686 A280 -G324 0.0843362291189713 A286 -A298 0.0804231043935832 L312 -A323 0.0803827063829523 L310 -A323 0.0798566418457352 A298 -A323 0.0797922092248036 G273 -V278 0.0790553562063163 A274 -A333 0.0780952618977602 A282 -A334 0.0780510257207032 L315 -A321 0.0775822876236072 A334 -F341 0.0775427531872221 G301 -G309 0.0736002082536508 M302 -A323 0.0729351804903039 F305 -L315 0.0725285969798524 L303 -R325 0.0721557718902101 A333 -I340 0.0704184292359455 G301 -G324 0.0698411508826978 A285 -P328 0.0698373397716008 A274 -F327 0.069757574400481 L310 -L315 0.0683197577245576 L284 -D332 0.067595868365725 V314 -A321 0.0673257951245079 G311 -G324 0.0670262355189135 G281 -L326 0.066345160433313 F272 -G281 0.0660446133747232 L284 -A333 0.0658885527584017 D332 -I340 0.0657160884991228 A334 -I340 0.0654916008805793 A282 -I335 0.0648398481984316 A275 -R325 0.0638952297133395 A274 -A334 0.0633088928767651 A280 -A285 0.0630409945988504 G288 -G297 0.0626279434126109 R325 -A333 0.0619066143782222 A333 -N342 0.0600964023433543 A285 -R325 0.0599981844185097 V277 -S331 0.0569204670406704 A276 -P328 0.0566021612976844 A275 -I340 0.0563778737204235 P328 -R337 0.0558310332009353 A280 -G329 0.0550823613470879 V277 -R337 0.0545365440730393 L284 -G297 0.0539746950299093 W299 -F305 0.0493398677709527 A280 -D332 0.0479859421712669 A282 -A323 0.047536291771706 G297 -G324 0.0473443933401896 L308 -A323 0.0459380747526215 A333 -V344 0.0455625511219848 G273 -A334 0.0429708765707066 L283 -F327 0.0429113214736985 L284 -A330 0.0421551799805009 V300 -G324 0.0420428321909017 A280 -N339 0.0407112558952574 V278 -R337 0.0388332557576365 R279 -G324 0.0359766930279966 L283 -A333 0.0331830593240279 G273 -S331 0.032281597665234 S331 -Y343 0.029527596262974 M302 -A321 0.0293029227798614 G324 -V344 0.0286630037297062 G329 -N342 0.0277591136243722 L303 -V316 0.0273409698304632 G281 -I340 0.0258443483788793 L284 -R325 0.0254131147797452 A280 -A323 0.024393871545064 F272 -R337 0.0226597640035932 F327 -A334 0.0214784130852799 L303 -C313 0.0211245961489546 G324 -A330 0.0206715598045957 R279 -G329 0.0192035686507239 L310 -G324 0.0189529015503855 A285 -N339 0.0180235969327285 L283 -F341 0.0176307918158152 G309 -A323 0.0164084400794109 G281 -A322 0.0159843365241095 A285 -G301 0.0154902076492975 L283 -F289 0.0153567538979695 R279 -D332 0.0146394861837091 F305 -V316 0.0133193401992009 A330 -Y343 0.0131794792776391 A298 -Y343 0.0129587983732651 V277 -P328 0.012540249540276 F327 -A336 0.00928053887053526 L283 -G288 0.00745626782551057 W299 -Y343 0.00555170086375667 R325 -Y343 0.00548061940206868 R279 -L326 0.00541173641770243 G273 -A282 0.0052473474579442 L310 -A321 0.00495708995616173 A298 -V344 0.00488939162397872 V277 -L338 0.0048865448834059 L303 -L326 0.00462467889887463 L283 -G329 0.00396984451530003 A280 -I340 0.00355307822716133 G304 -V316 0.00348741764266958 G297 -M302 0.00267339946416989 G301 -R325 0.00169675445259365 G297 -L326 0.000428998447270401 L284 -G301 0.000428998447270401 L284 -G324 -0.000840578709308204 G301 -L310 -0.00171207854675959 A285 -V300 -0.00199714265625062 A286 -I340 -0.00239387552180537 G281 -L338 -0.002789627733919 S331 -V344 -0.00393626834507499 R279 -Y343 -0.00403222432467221 I335 -I340 -0.00415644670357374 A298 -L326 -0.00568790482995318 L283 -A330 -0.00610626930759661 F272 -A333 -0.00617150321397419 A336 -F341 -0.00727935573540539 V316 -A321 -0.00757045147359392 A275 -F327 -0.00782616433962513 T306 -V314 -0.00801080641098401 A298 -T306 -0.00921155333167212 R279 -F327 -0.00981046739425384 V277 -D332 -0.0107052361937274 A298 -F305 -0.0115551748664835 A282 -G287 -0.0129160288928158 L312 -A321 -0.0140064195232832 A276 -I340 -0.0148243756858289 V277 -A336 -0.0150739163058109 C313 -A322 -0.0152268173152077 L303 -A323 -0.0155050121944993 V278 -P328 -0.0162406927337111 F327 -F341 -0.0178992198882764 V278 -A330 -0.0184473859073968 A276 -R337 -0.0189199725578324 G273 -L338 -0.020953933588431 G304 -R325 -0.0217137818086846 W299 -T306 -0.0218966193069083 A298 -L303 -0.0227963923690906 L303 -F320 -0.0232613468274412 A276 -G329 -0.0237637974371709 G273 -A333 -0.0238660275228897 A282 -S331 -0.0248518673434992 T306 -G324 -0.0251748413080977 M302 -G309 -0.0254229292007473 F289 -A298 -0.0266496376961736 A330 -L338 -0.0272618085869296 M302 -A322 -0.027436906302702 V277 -A333 -0.0296490410411905 A280 -V344 -0.0297229100550327 D332 -N339 -0.0298318666065125 V278 -I335 -0.0300672984565402 L307 -F320 -0.0307750599471239 L283 -D332 -0.0313804754145226 V278 -A286 -0.0323308902378621 R337 -N342 -0.0343093351501829 F327 -I335 -0.0357644575863345 V277 -G329 -0.0367120571681996 V300 -L307 -0.0373869946526248 L284 -A298 -0.0376919211834945 A285 -F341 -0.0386374055005096 A298 -A322 -0.0427650251533933 V300 -T306 -0.0429003813571516 D332 -R337 -0.0445877874035217 D332 -N342 -0.046044001128851 R325 -F341 -0.0466898896136527 G304 -C313 -0.0467531766370604 R279 -R325 -0.0472750259616982 L308 -A321 -0.0487660621806416 R325 -V344 -0.0491263408381428 L312 -F320 -0.0500422138668393 A275 -A330 -0.050127284382695 L326 -N342 -0.0511567840101974 P328 -Y343 -0.051239393726668 L283 -G324 -0.0524513135157001 V314 -F320 -0.0528938180981999 L338 -Y343 -0.0529348586239839 D332 -Y343 -0.0532084465601206 F272 -R279 -0.0533441228885956 G281 -F341 -0.0533756538564616 A286 -V344 -0.0546279843111561 A275 -L326 -0.0549750425475413 G297 -V344 -0.0562622381520743 A286 -N342 -0.0568478963975281 G297 -Y343 -0.0570841257657273 P328 -F341 -0.0579359324927629 D332 -L338 -0.0588270951136769 G281 -G329 -0.0590588886732801 A282 -Y343 -0.0598331728166244 F305 -C313 -0.0615744966780802 R279 -F341 -0.0616525391606841 W299 -A323 -0.0618519868509123 L283 -V344 -0.0628827048687626 A274 -D332 -0.065280228052468 L284 -W299 -0.0657513084098174 G281 -V344 -0.0668593643932711 L283 -N339 -0.0670842576042371 L283 -G301 -0.0671776151696299 L283 -N342 -0.0673784283933034 L326 -A333 -0.0682097872598195 R279 -N339 -0.0684338168345255 M302 -L312 -0.0687074312385691 F272 -S331 -0.0711535151334075 L283 -A323 -0.0713317982423654 A275 -R337 -0.0740682113880395 A282 -A298 -0.0741895361984339 A285 -G297 -0.0752888477746759 F289 -I340 -0.0766517239881754 T306 -L315 -0.0779198985170155 C313 -F320 -0.0790948711929618 F327 -L338 -0.0795296809318211 R325 -D332 -0.0796166695426026 F327 -N339 -0.0827294338476134 F272 -P328 -0.0830535275910211 W299 -V344 -0.083816862114098 F272 -L338 -0.0845764347167206 G304 -A321 -0.0847047731045776 G301 -L307 -0.0850070877182088 R279 -A285 -0.0851280658949918 S331 -R337 -0.0858890216691857 L283 -I340 -0.0861284825605217 G281 -R325 -0.0872132571879143 F305 -A323 -0.088393813416455 F272 -G329 -0.0886338256792705 F272 -V278 -0.0916771456171652 A282 -N339 -0.0917724310583106 A275 -L338 -0.0932345699624708 R279 -V344 -0.0941506820376903 G304 -L312 -0.0949336091912536 A298 -G304 -0.0956637791699365 A276 -G281 -0.096516044102247 V277 -N339 -0.0982549667791283 F272 -A282 -0.0986092520138708 G281 -S331 -0.0993807846662795 F289 -Y343 -0.0997837573576463 G281 -Y343 -0.100147582411973 L307 -R325 -0.100203540035047 F272 -A334 -0.102051436460787 A282 -F341 -0.102251705312906 V277 -L283 -0.102594230088573 L283 -Y343 -0.10292127505494 M302 -L310 -0.103583855985231 L308 -G324 -0.103658497930325 G288 -Y343 -0.103853552237092 G287 -I340 -0.103911946591809 A274 -P328 -0.104451756189659 R279 -A286 -0.104755131024989 A276 -S331 -0.105228234788113 P328 -N342 -0.105745515809334 G281 -F327 -0.105843758960612 A285 -L326 -0.10655297765611 G297 -F305 -0.106779764395164 W299 -G324 -0.107171000324515 R279 -S331 -0.107265786120332 T306 -A322 -0.107508486673112 V278 -N339 -0.108382888249172 G329 -V344 -0.108462232304735 V278 -L326 -0.110833086739758 F289 -V344 -0.111163487993696 A280 -F341 -0.111300003872117 A275 -G281 -0.111771531354241 G309 -F320 -0.112145913257767 G309 -A321 -0.11322740204881 V278 -L338 -0.114125620781961 P328 -A334 -0.114490999957403 L284 -S331 -0.115525360714035 L284 -L326 -0.115824878875227 F272 -A280 -0.116020899038842 L284 -N339 -0.116507617336532 A274 -A282 -0.116862932274877 A285 -L338 -0.117737948889103 F305 -V314 -0.117767491051287 L326 -D332 -0.117849044564026 L307 -L315 -0.118252933436032 F327 -R337 -0.119025224481464 A282 -P328 -0.119155235469693 L307 -V314 -0.120175561242422 A275 -P328 -0.122615498499302 A285 -W299 -0.123295535548462 G281 -R337 -0.123494918015301 L308 -L315 -0.12349554097695 L284 -F327 -0.123610566556805 G304 -F320 -0.12456062373145 G329 -A336 -0.124894140439181 G304 -G311 -0.12598266554101 F305 -G324 -0.12641238155907 R325 -I340 -0.128212117262387 V278 -I340 -0.12911993893032 A276 -L283 -0.132915812126649 G281 -D332 -0.134316761243571 V278 -R325 -0.134780329310573 G311 -A322 -0.135113175803612 G304 -G324 -0.1381266526252 L283 -P328 -0.138940219998512 F327 -A333 -0.139978950702067 V278 -G329 -0.143250812619979 L308 -F320 -0.143841166592524 G273 -A336 -0.144053578167317 F305 -F320 -0.147607655348967 G309 -L315 -0.147699254376869 I335 -F341 -0.148632371092155 V278 -F327 -0.148783669410101 W299 -L326 -0.149117733035255 P328 -A336 -0.149871990629459 L283 -A298 -0.150645486967999 L307 -A323 -0.15081818383393 A275 -L284 -0.15125546306988 L283 -A322 -0.152063487261413 G329 -Y343 -0.153675943771654 S331 -I340 -0.155995159915051 L303 -A321 -0.15892419829404 A274 -I335 -0.1595077343414 A274 -L283 -0.160533483401227 A298 -L307 -0.160796150062981 A282 -L338 -0.161323154348676 A285 -V344 -0.161990323806583 G301 -T306 -0.162060899920931 L315 -F320 -0.16247336478333 F289 -G297 -0.163600374886535 L303 -G311 -0.163837753326304 P328 -V344 -0.164870223063997 L283 -A336 -0.166229485052935 A275 -A333 -0.167197926699921 F305 -L312 -0.168118339267439 S331 -F341 -0.168258422533493 S331 -N339 -0.170380321177545 L283 -W299 -0.170638164874753 A285 -A298 -0.1727042902534 G304 -A322 -0.172926837801827 G297 -L303 -0.173438359098495 G281 -G324 -0.174798622531736 F272 -A330 -0.176216409097573 A280 -L326 -0.177909786209858 F305 -G311 -0.17975525168168 V300 -F305 -0.179811001004241 A280 -A333 -0.185539803293592 A275 -A282 -0.186788374867087 A282 -A333 -0.187210073502154 A274 -A336 -0.187647236097022 A330 -R337 -0.187896960268738 F289 -N342 -0.188113479008335 W299 -L307 -0.189454628422498 G311 -A321 -0.193455986569886 A274 -S331 -0.194960383202697 L308 -V314 -0.195785393600104 L284 -F341 -0.19716580505276 A282 -A330 -0.197212956588212 G309 -V314 -0.200055168739807 A276 -A333 -0.200457930681626 P328 -I335 -0.204243559769979 L326 -S331 -0.206978546148377 A282 -V344 -0.207850779731345 R279 -A333 -0.208783175358457 A330 -A336 -0.209077073435661 W299 -G304 -0.209993170419102 G304 -A323 -0.210826714576737 A280 -F327 -0.211009723469209 A330 -V344 -0.212077863249045 L303 -L312 -0.212598064465555 G281 -N339 -0.213549056648004 A334 -N339 -0.214317310671265 R279 -L284 -0.215580634314592 G311 -A323 -0.216785873236954 A275 -A334 -0.22087861460865 L326 -Y343 -0.222164721613864 L283 -L338 -0.223053315280874 F327 -V344 -0.227574880845324 A330 -N339 -0.23651339451281 R325 -A330 -0.237103953363358 G273 -I335 -0.238096073703493 L284 -G329 -0.240707676551476 A280 -R325 -0.244958892450169 A280 -A330 -0.24708279802022 P328 -N339 -0.249994535713181 A280 -L338 -0.250760185371803 L303 -G309 -0.251762465588563 F327 -I340 -0.252895071741573 L307 -C313 -0.2533130392196 L284 -N342 -0.254599149874309 D332 -F341 -0.259861472626623 G273 -A280 -0.2600388080933 L326 -F341 -0.260133823687531 V278 -D332 -0.260168419201549 P328 -I340 -0.267121970789917 T306 -V316 -0.26737951764751 G329 -I335 -0.26744914323993 L308 -A322 -0.268413172406039 M302 -L307 -0.270050050295955 A275 -G329 -0.270386617044914 A282 -G324 -0.270861825312111 A330 -F341 -0.272607488520336 A285 -I340 -0.282769883596717 G304 -L310 -0.284210958956582 A276 -L338 -0.285950591137641 A280 -A336 -0.296218446113876 N339 -V344 -0.29891744845863 L310 -A322 -0.302900216619694 A274 -R279 -0.330712191003278 A333 -N339 -0.339866147382768 A280 -I335 -0.344754325169625 L303 -G324 -0.346147916997501 G304 -G309 -0.352969361164773 V278 -A336 -0.354661026082841 L307 -V316 -0.35533056745164 M302 -L308 -0.358466189896424 F305 -L310 -0.362521099696977 A330 -I340 -0.368023219353937 T306 -A321 -0.370732199483948 A274 -G281 -0.385486582507951 L303 -L308 -0.406149270587592 R279 -I340 -0.408890872515248 L326 -I340 -0.416990972108279 A330 -I335 -0.420554676828505 G329 -A334 -0.424268134449599 T306 -C313 -0.425817841397666 L303 -L310 -0.430616737197168 A333 -F341 -0.431594977217046 P328 -A333 -0.433446852476866 L284 -V344 -0.441354310583173 A275 -A336 -0.453498214003941 A282 -I340 -0.457098541042056 A276 -A336 -0.47171783188776 A274 -A280 -0.478888507505217 A275 -D332 -0.586249321014539