Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-142]:
1a4ma_PU0_1-142
CI=2.81


[143-257]:
1a4ma_PU0_143-257
CI=4.11


[258-349 ]:
1a4ma_PU0_258-349
CI=1.62


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU1_1-19
CI=0.00


[20-68]:
1a4ma_PU1_20-68
CI=1.35


[69-142]:
1a4ma_PU1_69-142
CI=2.87


[143-257]:
1a4ma_PU1_143-257
CI=4.11


[258-349 ]:
1a4ma_PU1_258-349
CI=1.62


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU2_1-19
CI=0.00


[20-68]:
1a4ma_PU2_20-68
CI=1.35


[69-142]:
1a4ma_PU2_69-142
CI=2.87


[143-257]:
1a4ma_PU2_143-257
CI=4.11


[258-314]:
1a4ma_PU2_258-314
CI=1.64


[315-349 ]:
1a4ma_PU2_315-349
CI=0.69


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU3_1-19
CI=0.00


[20-68]:
1a4ma_PU3_20-68
CI=1.35


[69-142]:
1a4ma_PU3_69-142
CI=2.87


[143-211]:
1a4ma_PU3_143-211
CI=3.46


[212-257]:
1a4ma_PU3_212-257
CI=2.79


[258-314]:
1a4ma_PU3_258-314
CI=1.64


[315-349 ]:
1a4ma_PU3_315-349
CI=0.69


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU4_1-19
CI=0.00


[20-68]:
1a4ma_PU4_20-68
CI=1.35


[69-99]:
1a4ma_PU4_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU4_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU4_127-142
CI=0.00


[143-211]:
1a4ma_PU4_143-211
CI=3.46


[212-257]:
1a4ma_PU4_212-257
CI=2.79


[258-314]:
1a4ma_PU4_258-314
CI=1.64


[315-349 ]:
1a4ma_PU4_315-349
CI=0.69


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU5_1-19
CI=0.00


[20-46]:
1a4ma_PU5_20-46
CI=1.17


[47-68]:
1a4ma_PU5_47-68
CI=0.42


[69-99]:
1a4ma_PU5_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU5_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU5_127-142
CI=0.00


[143-211]:
1a4ma_PU5_143-211
CI=3.46


[212-257]:
1a4ma_PU5_212-257
CI=2.79


[258-314]:
1a4ma_PU5_258-314
CI=1.64


[315-349 ]:
1a4ma_PU5_315-349
CI=0.69


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU6_1-19
CI=0.00


[20-46]:
1a4ma_PU6_20-46
CI=1.17


[47-68]:
1a4ma_PU6_47-68
CI=0.42


[69-99]:
1a4ma_PU6_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU6_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU6_127-142
CI=0.00


[143-211]:
1a4ma_PU6_143-211
CI=3.46


[212-257]:
1a4ma_PU6_212-257
CI=2.79


[258-314]:
1a4ma_PU6_258-314
CI=1.64


[315-331]:
1a4ma_PU6_315-331
CI=0.00


[332-349 ]:
1a4ma_PU6_332-349
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU7_1-19
CI=0.00


[20-46]:
1a4ma_PU7_20-46
CI=1.17


[47-68]:
1a4ma_PU7_47-68
CI=0.42


[69-99]:
1a4ma_PU7_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU7_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU7_127-142
CI=0.00


[143-211]:
1a4ma_PU7_143-211
CI=3.46


[212-257]:
1a4ma_PU7_212-257
CI=2.79


[258-289]:
1a4ma_PU7_258-289
CI=0.76


[290-314]:
1a4ma_PU7_290-314
CI=0.75


[315-331]:
1a4ma_PU7_315-331
CI=0.00


[332-349 ]:
1a4ma_PU7_332-349
CI=0.00


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU8_1-19
CI=0.00


[20-46]:
1a4ma_PU8_20-46
CI=1.17


[47-68]:
1a4ma_PU8_47-68
CI=0.42


[69-99]:
1a4ma_PU8_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU8_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU8_127-142
CI=0.00


[143-211]:
1a4ma_PU8_143-211
CI=3.46


[212-241]:
1a4ma_PU8_212-241
CI=2.70


[242-257]:
1a4ma_PU8_242-257
CI=0.00


[258-289]:
1a4ma_PU8_258-289
CI=0.76


[290-314]:
1a4ma_PU8_290-314
CI=0.75


[315-331]:
1a4ma_PU8_315-331
CI=0.00


[332-349 ]:
1a4ma_PU8_332-349
CI=0.00


Final level 9

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1a4ma_PU_1-19
CI=0.00


[20-46]:
1a4ma_PU_20-46
CI=1.17


[47-68]:
1a4ma_PU_47-68
CI=0.42


[69-99]:
1a4ma_PU_69-99
CI=0.24


[100-126]:
1a4ma_PU_100-126
CI=2.45


[127-142]:
1a4ma_PU_127-142
CI=0.00


[143-182]:
1a4ma_PU_143-182
CI=2.68


[183-211]:
1a4ma_PU_183-211
CI=0.44


[212-241]:
1a4ma_PU_212-241
CI=2.70


[242-257]:
1a4ma_PU_242-257
CI=0.00


[258-289]:
1a4ma_PU_258-289
CI=0.76


[290-314]:
1a4ma_PU_290-314
CI=0.75


[315-331]:
1a4ma_PU_315-331
CI=0.00


[332-349 ]:
1a4ma_PU_332-349
CI=0.00