Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-141]:
1eg2a_PU0_1-141
CI=3.17


[142-167]:
1eg2a_PU0_142-167
CI=1.22


[168-270 ]:
1eg2a_PU0_168-270
CI=2.65


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU1_1-19
CI=0.00


[20-141]:
1eg2a_PU1_20-141
CI=3.52


[142-167]:
1eg2a_PU1_142-167
CI=1.22


[168-270 ]:
1eg2a_PU1_168-270
CI=2.65


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU2_1-19
CI=0.00


[20-141]:
1eg2a_PU2_20-141
CI=3.52


[142-167]:
1eg2a_PU2_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU2_168-196
CI=1.03


[197-270 ]:
1eg2a_PU2_197-270
CI=2.62


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU3_1-19
CI=0.00


[20-67]:
1eg2a_PU3_20-67
CI=1.84


[68-127]:
1eg2a_PU3_68-127
CI=2.82


[128-141]:
1eg2a_PU3_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU3_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU3_168-196
CI=1.03


[197-270 ]:
1eg2a_PU3_197-270
CI=2.62


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU4_1-19
CI=0.00


[20-67]:
1eg2a_PU4_20-67
CI=1.84


[68-127]:
1eg2a_PU4_68-127
CI=2.82


[128-141]:
1eg2a_PU4_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU4_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU4_168-196
CI=1.03


[197-252]:
1eg2a_PU4_197-252
CI=2.97


[253-270 ]:
1eg2a_PU4_253-270
CI=0.00


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU5_1-19
CI=0.00


[20-67]:
1eg2a_PU5_20-67
CI=1.84


[68-127]:
1eg2a_PU5_68-127
CI=2.82


[128-141]:
1eg2a_PU5_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU5_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU5_168-196
CI=1.03


[197-235]:
1eg2a_PU5_197-235
CI=3.01


[236-252]:
1eg2a_PU5_236-252
CI=0.00


[253-270 ]:
1eg2a_PU5_253-270
CI=0.00


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU6_1-19
CI=0.00


[20-67]:
1eg2a_PU6_20-67
CI=1.84


[68-96]:
1eg2a_PU6_68-96
CI=1.04


[97-127]:
1eg2a_PU6_97-127
CI=2.64


[128-141]:
1eg2a_PU6_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU6_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU6_168-196
CI=1.03


[197-235]:
1eg2a_PU6_197-235
CI=3.01


[236-252]:
1eg2a_PU6_236-252
CI=0.00


[253-270 ]:
1eg2a_PU6_253-270
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU7_1-19
CI=0.00


[20-50]:
1eg2a_PU7_20-50
CI=0.42


[51-67]:
1eg2a_PU7_51-67
CI=0.21


[68-96]:
1eg2a_PU7_68-96
CI=1.04


[97-127]:
1eg2a_PU7_97-127
CI=2.64


[128-141]:
1eg2a_PU7_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU7_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU7_168-196
CI=1.03


[197-235]:
1eg2a_PU7_197-235
CI=3.01


[236-252]:
1eg2a_PU7_236-252
CI=0.00


[253-270 ]:
1eg2a_PU7_253-270
CI=0.00


Final level 8

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eg2a_PU_1-19
CI=0.00


[20-50]:
1eg2a_PU_20-50
CI=0.42


[51-67]:
1eg2a_PU_51-67
CI=0.21


[68-96]:
1eg2a_PU_68-96
CI=1.04


[97-127]:
1eg2a_PU_97-127
CI=2.64


[128-141]:
1eg2a_PU_128-141
CI=0.00


[142-167]:
1eg2a_PU_142-167
CI=1.22


[168-196]:
1eg2a_PU_168-196
CI=1.03


[197-213]:
1eg2a_PU_197-213
CI=0.21


[214-235]:
1eg2a_PU_214-235
CI=1.60


[236-252]:
1eg2a_PU_236-252
CI=0.00


[253-270 ]:
1eg2a_PU_253-270
CI=0.00