Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-286]:
1erza_PU0_1-286
CI=5.63


[287-303 ]:
1erza_PU0_287-303
CI=0.00


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU1_1-16
CI=0.00


[17-155]:
1erza_PU1_17-155
CI=3.85


[156-286]:
1erza_PU1_156-286
CI=4.63


[287-303 ]:
1erza_PU1_287-303
CI=0.00


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU2_1-16
CI=0.00


[17-155]:
1erza_PU2_17-155
CI=3.85


[156-198]:
1erza_PU2_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU2_199-214
CI=0.91


[215-286]:
1erza_PU2_215-286
CI=3.88


[287-303 ]:
1erza_PU2_287-303
CI=0.00


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU3_1-16
CI=0.00


[17-124]:
1erza_PU3_17-124
CI=3.44


[125-155]:
1erza_PU3_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU3_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU3_199-214
CI=0.91


[215-286]:
1erza_PU3_215-286
CI=3.88


[287-303 ]:
1erza_PU3_287-303
CI=0.00


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU4_1-16
CI=0.00


[17-51]:
1erza_PU4_17-51
CI=0.58


[52-67]:
1erza_PU4_52-67
CI=0.35


[68-124]:
1erza_PU4_68-124
CI=3.55


[125-155]:
1erza_PU4_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU4_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU4_199-214
CI=0.91


[215-286]:
1erza_PU4_215-286
CI=3.88


[287-303 ]:
1erza_PU4_287-303
CI=0.00


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU5_1-16
CI=0.00


[17-51]:
1erza_PU5_17-51
CI=0.58


[52-67]:
1erza_PU5_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU5_68-89
CI=0.24


[90-124]:
1erza_PU5_90-124
CI=3.29


[125-155]:
1erza_PU5_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU5_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU5_199-214
CI=0.91


[215-286]:
1erza_PU5_215-286
CI=3.88


[287-303 ]:
1erza_PU5_287-303
CI=0.00


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU6_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1erza_PU6_17-33
CI=0.00


[34-51]:
1erza_PU6_34-51
CI=0.10


[52-67]:
1erza_PU6_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU6_68-89
CI=0.24


[90-124]:
1erza_PU6_90-124
CI=3.29


[125-155]:
1erza_PU6_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU6_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU6_199-214
CI=0.91


[215-286]:
1erza_PU6_215-286
CI=3.88


[287-303 ]:
1erza_PU6_287-303
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU7_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1erza_PU7_17-33
CI=0.00


[34-51]:
1erza_PU7_34-51
CI=0.10


[52-67]:
1erza_PU7_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU7_68-89
CI=0.24


[90-124]:
1erza_PU7_90-124
CI=3.29


[125-155]:
1erza_PU7_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU7_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU7_199-214
CI=0.91


[215-265]:
1erza_PU7_215-265
CI=3.81


[266-286]:
1erza_PU7_266-286
CI=0.00


[287-303 ]:
1erza_PU7_287-303
CI=0.00


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU8_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1erza_PU8_17-33
CI=0.00


[34-51]:
1erza_PU8_34-51
CI=0.10


[52-67]:
1erza_PU8_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU8_68-89
CI=0.24


[90-108]:
1erza_PU8_90-108
CI=1.19


[109-124]:
1erza_PU8_109-124
CI=2.08


[125-155]:
1erza_PU8_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU8_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU8_199-214
CI=0.91


[215-265]:
1erza_PU8_215-265
CI=3.81


[266-286]:
1erza_PU8_266-286
CI=0.00


[287-303 ]:
1erza_PU8_287-303
CI=0.00


Level 9
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU9_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1erza_PU9_17-33
CI=0.00


[34-51]:
1erza_PU9_34-51
CI=0.10


[52-67]:
1erza_PU9_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU9_68-89
CI=0.24


[90-108]:
1erza_PU9_90-108
CI=1.19


[109-124]:
1erza_PU9_109-124
CI=2.08


[125-155]:
1erza_PU9_125-155
CI=2.32


[156-198]:
1erza_PU9_156-198
CI=3.11


[199-214]:
1erza_PU9_199-214
CI=0.91


[215-234]:
1erza_PU9_215-234
CI=0.46


[235-265]:
1erza_PU9_235-265
CI=2.71


[266-286]:
1erza_PU9_266-286
CI=0.00


[287-303 ]:
1erza_PU9_287-303
CI=0.00


Final level 10

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1erza_PU_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1erza_PU_17-33
CI=0.00


[34-51]:
1erza_PU_34-51
CI=0.10


[52-67]:
1erza_PU_52-67
CI=0.35


[68-89]:
1erza_PU_68-89
CI=0.24


[90-108]:
1erza_PU_90-108
CI=1.19


[109-124]:
1erza_PU_109-124
CI=2.08


[125-155]:
1erza_PU_125-155
CI=2.32


[156-175]:
1erza_PU_156-175
CI=1.13


[176-198]:
1erza_PU_176-198
CI=0.24


[199-214]:
1erza_PU_199-214
CI=0.91


[215-234]:
1erza_PU_215-234
CI=0.46


[235-265]:
1erza_PU_235-265
CI=2.71


[266-286]:
1erza_PU_266-286
CI=0.00


[287-303 ]:
1erza_PU_287-303
CI=0.00