Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-162]:
1eur0_PU0_1-162
CI=5.25


[163-323]:
1eur0_PU0_163-323
CI=5.72


[324-361 ]:
1eur0_PU0_324-361
CI=2.47


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-162]:
1eur0_PU1_1-162
CI=5.25


[163-259]:
1eur0_PU1_163-259
CI=5.04


[260-323]:
1eur0_PU1_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU1_324-361
CI=2.47


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-84]:
1eur0_PU2_1-84
CI=3.80


[85-162]:
1eur0_PU2_85-162
CI=4.57


[163-259]:
1eur0_PU2_163-259
CI=5.04


[260-323]:
1eur0_PU2_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU2_324-361
CI=2.47


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU3_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU3_20-84
CI=4.39


[85-162]:
1eur0_PU3_85-162
CI=4.57


[163-259]:
1eur0_PU3_163-259
CI=5.04


[260-323]:
1eur0_PU3_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU3_324-361
CI=2.47


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU4_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU4_20-84
CI=4.39


[85-104]:
1eur0_PU4_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU4_105-123
CI=2.06


[124-162]:
1eur0_PU4_124-162
CI=1.85


[163-259]:
1eur0_PU4_163-259
CI=5.04


[260-323]:
1eur0_PU4_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU4_324-361
CI=2.47


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU5_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU5_20-84
CI=4.39


[85-104]:
1eur0_PU5_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU5_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU5_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU5_143-162
CI=0.00


[163-259]:
1eur0_PU5_163-259
CI=5.04


[260-323]:
1eur0_PU5_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU5_324-361
CI=2.47


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU6_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU6_20-84
CI=4.39


[85-104]:
1eur0_PU6_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU6_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU6_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU6_143-162
CI=0.00


[163-213]:
1eur0_PU6_163-213
CI=4.05


[214-259]:
1eur0_PU6_214-259
CI=3.24


[260-323]:
1eur0_PU6_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU6_324-361
CI=2.47


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU7_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU7_20-84
CI=4.39


[85-104]:
1eur0_PU7_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU7_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU7_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU7_143-162
CI=0.00


[163-213]:
1eur0_PU7_163-213
CI=4.05


[214-230]:
1eur0_PU7_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU7_231-259
CI=2.11


[260-323]:
1eur0_PU7_260-323
CI=4.72


[324-361 ]:
1eur0_PU7_324-361
CI=2.47


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU8_1-19
CI=0.10


[20-84]:
1eur0_PU8_20-84
CI=4.39


[85-104]:
1eur0_PU8_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU8_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU8_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU8_143-162
CI=0.00


[163-213]:
1eur0_PU8_163-213
CI=4.05


[214-230]:
1eur0_PU8_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU8_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU8_260-289
CI=2.28


[290-323]:
1eur0_PU8_290-323
CI=3.50


[324-361 ]:
1eur0_PU8_324-361
CI=2.47


Level 9
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU9_1-19
CI=0.10


[20-39]:
1eur0_PU9_20-39
CI=2.52


[40-84]:
1eur0_PU9_40-84
CI=3.38


[85-104]:
1eur0_PU9_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU9_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU9_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU9_143-162
CI=0.00


[163-213]:
1eur0_PU9_163-213
CI=4.05


[214-230]:
1eur0_PU9_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU9_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU9_260-289
CI=2.28


[290-323]:
1eur0_PU9_290-323
CI=3.50


[324-361 ]:
1eur0_PU9_324-361
CI=2.47


Level 10
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU10_1-19
CI=0.10


[20-39]:
1eur0_PU10_20-39
CI=2.52


[40-84]:
1eur0_PU10_40-84
CI=3.38


[85-104]:
1eur0_PU10_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU10_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU10_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU10_143-162
CI=0.00


[163-181]:
1eur0_PU10_163-181
CI=2.06


[182-213]:
1eur0_PU10_182-213
CI=2.63


[214-230]:
1eur0_PU10_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU10_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU10_260-289
CI=2.28


[290-323]:
1eur0_PU10_290-323
CI=3.50


[324-361 ]:
1eur0_PU10_324-361
CI=2.47


Level 11
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU11_1-19
CI=0.10


[20-39]:
1eur0_PU11_20-39
CI=2.52


[40-84]:
1eur0_PU11_40-84
CI=3.38


[85-104]:
1eur0_PU11_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU11_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU11_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU11_143-162
CI=0.00


[163-181]:
1eur0_PU11_163-181
CI=2.06


[182-213]:
1eur0_PU11_182-213
CI=2.63


[214-230]:
1eur0_PU11_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU11_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU11_260-289
CI=2.28


[290-323]:
1eur0_PU11_290-323
CI=3.50


[324-340]:
1eur0_PU11_324-340
CI=2.51


[341-361 ]:
1eur0_PU11_341-361
CI=0.00


Level 12
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU12_1-19
CI=0.10


[20-39]:
1eur0_PU12_20-39
CI=2.52


[40-67]:
1eur0_PU12_40-67
CI=1.69


[68-84]:
1eur0_PU12_68-84
CI=0.88


[85-104]:
1eur0_PU12_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU12_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU12_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU12_143-162
CI=0.00


[163-181]:
1eur0_PU12_163-181
CI=2.06


[182-213]:
1eur0_PU12_182-213
CI=2.63


[214-230]:
1eur0_PU12_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU12_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU12_260-289
CI=2.28


[290-323]:
1eur0_PU12_290-323
CI=3.50


[324-340]:
1eur0_PU12_324-340
CI=2.51


[341-361 ]:
1eur0_PU12_341-361
CI=0.00


Final level 13

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-19]:
1eur0_PU_1-19
CI=0.10


[20-39]:
1eur0_PU_20-39
CI=2.52


[40-67]:
1eur0_PU_40-67
CI=1.69


[68-84]:
1eur0_PU_68-84
CI=0.88


[85-104]:
1eur0_PU_85-104
CI=2.24


[105-123]:
1eur0_PU_105-123
CI=2.06


[124-142]:
1eur0_PU_124-142
CI=2.26


[143-162]:
1eur0_PU_143-162
CI=0.00


[163-181]:
1eur0_PU_163-181
CI=2.06


[182-213]:
1eur0_PU_182-213
CI=2.63


[214-230]:
1eur0_PU_214-230
CI=2.20


[231-259]:
1eur0_PU_231-259
CI=2.11


[260-289]:
1eur0_PU_260-289
CI=2.28


[290-306]:
1eur0_PU_290-306
CI=1.32


[307-323]:
1eur0_PU_307-323
CI=0.00


[324-340]:
1eur0_PU_324-340
CI=2.51


[341-361 ]:
1eur0_PU_341-361
CI=0.00