Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-150]:
1phm0_PU0_1-150
CI=5.34


[151-305 ]:
1phm0_PU0_151-305
CI=5.82


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU1_1-28
CI=1.28


[29-132]:
1phm0_PU1_29-132
CI=4.71


[133-150]:
1phm0_PU1_133-150
CI=0.00


[151-305 ]:
1phm0_PU1_151-305
CI=5.82


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU2_1-28
CI=1.28


[29-70]:
1phm0_PU2_29-70
CI=0.21


[71-90]:
1phm0_PU2_71-90
CI=1.68


[91-132]:
1phm0_PU2_91-132
CI=0.50


[133-150]:
1phm0_PU2_133-150
CI=0.00


[151-305 ]:
1phm0_PU2_151-305
CI=5.82


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU3_1-28
CI=1.28


[29-70]:
1phm0_PU3_29-70
CI=0.21


[71-90]:
1phm0_PU3_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU3_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU3_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU3_133-150
CI=0.00


[151-305 ]:
1phm0_PU3_151-305
CI=5.82


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU4_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU4_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU4_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU4_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU4_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU4_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU4_133-150
CI=0.00


[151-305 ]:
1phm0_PU4_151-305
CI=5.82


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU5_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU5_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU5_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU5_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU5_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU5_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU5_133-150
CI=0.00


[151-247]:
1phm0_PU5_151-247
CI=4.46


[248-265]:
1phm0_PU5_248-265
CI=1.35


[266-305 ]:
1phm0_PU5_266-305
CI=0.05


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU6_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU6_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU6_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU6_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU6_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU6_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU6_133-150
CI=0.00


[151-247]:
1phm0_PU6_151-247
CI=4.46


[248-265]:
1phm0_PU6_248-265
CI=1.35


[266-287]:
1phm0_PU6_266-287
CI=0.08


[288-305 ]:
1phm0_PU6_288-305
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU7_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU7_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU7_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU7_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU7_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU7_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU7_133-150
CI=0.00


[151-184]:
1phm0_PU7_151-184
CI=0.49


[185-234]:
1phm0_PU7_185-234
CI=4.10


[235-247]:
1phm0_PU7_235-247
CI=0.00


[248-265]:
1phm0_PU7_248-265
CI=1.35


[266-287]:
1phm0_PU7_266-287
CI=0.08


[288-305 ]:
1phm0_PU7_288-305
CI=0.00


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU8_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU8_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU8_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU8_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU8_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU8_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU8_133-150
CI=0.00


[151-167]:
1phm0_PU8_151-167
CI=0.00


[168-184]:
1phm0_PU8_168-184
CI=0.00


[185-234]:
1phm0_PU8_185-234
CI=4.10


[235-247]:
1phm0_PU8_235-247
CI=0.00


[248-265]:
1phm0_PU8_248-265
CI=1.35


[266-287]:
1phm0_PU8_266-287
CI=0.08


[288-305 ]:
1phm0_PU8_288-305
CI=0.00


Level 9
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU9_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU9_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU9_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU9_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU9_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU9_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU9_133-150
CI=0.00


[151-167]:
1phm0_PU9_151-167
CI=0.00


[168-184]:
1phm0_PU9_168-184
CI=0.00


[185-201]:
1phm0_PU9_185-201
CI=0.32


[202-234]:
1phm0_PU9_202-234
CI=1.78


[235-247]:
1phm0_PU9_235-247
CI=0.00


[248-265]:
1phm0_PU9_248-265
CI=1.35


[266-287]:
1phm0_PU9_266-287
CI=0.08


[288-305 ]:
1phm0_PU9_288-305
CI=0.00


Final level 10

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-28]:
1phm0_PU_1-28
CI=1.28


[29-46]:
1phm0_PU_29-46
CI=0.10


[47-70]:
1phm0_PU_47-70
CI=0.22


[71-90]:
1phm0_PU_71-90
CI=1.68


[91-113]:
1phm0_PU_91-113
CI=0.32


[114-132]:
1phm0_PU_114-132
CI=0.49


[133-150]:
1phm0_PU_133-150
CI=0.00


[151-167]:
1phm0_PU_151-167
CI=0.00


[168-184]:
1phm0_PU_168-184
CI=0.00


[185-201]:
1phm0_PU_185-201
CI=0.32


[202-218]:
1phm0_PU_202-218
CI=2.08


[219-234]:
1phm0_PU_219-234
CI=0.00


[235-247]:
1phm0_PU_235-247
CI=0.00


[248-265]:
1phm0_PU_248-265
CI=1.35


[266-287]:
1phm0_PU_266-287
CI=0.08


[288-305 ]:
1phm0_PU_288-305
CI=0.00