Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU0_1-25
CI=2.25


[26-204]:
1qnra_PU0_26-204
CI=3.65


[205-344 ]:
1qnra_PU0_205-344
CI=3.38


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU1_1-25
CI=2.25


[26-204]:
1qnra_PU1_26-204
CI=3.65


[205-306]:
1qnra_PU1_205-306
CI=3.78


[307-344 ]:
1qnra_PU1_307-344
CI=1.27


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU2_1-25
CI=2.25


[26-204]:
1qnra_PU2_26-204
CI=3.65


[205-306]:
1qnra_PU2_205-306
CI=3.78


[307-326]:
1qnra_PU2_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU2_327-344
CI=0.00


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU3_1-25
CI=2.25


[26-108]:
1qnra_PU3_26-108
CI=2.95


[109-204]:
1qnra_PU3_109-204
CI=2.62


[205-306]:
1qnra_PU3_205-306
CI=3.78


[307-326]:
1qnra_PU3_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU3_327-344
CI=0.00


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU4_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU4_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU4_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU4_91-108
CI=0.20


[109-204]:
1qnra_PU4_109-204
CI=2.62


[205-306]:
1qnra_PU4_205-306
CI=3.78


[307-326]:
1qnra_PU4_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU4_327-344
CI=0.00


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU5_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU5_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU5_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU5_91-108
CI=0.20


[109-144]:
1qnra_PU5_109-144
CI=1.48


[145-204]:
1qnra_PU5_145-204
CI=1.98


[205-306]:
1qnra_PU5_205-306
CI=3.78


[307-326]:
1qnra_PU5_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU5_327-344
CI=0.00


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU6_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU6_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU6_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU6_91-108
CI=0.20


[109-144]:
1qnra_PU6_109-144
CI=1.48


[145-204]:
1qnra_PU6_145-204
CI=1.98


[205-236]:
1qnra_PU6_205-236
CI=1.83


[237-306]:
1qnra_PU6_237-306
CI=3.55


[307-326]:
1qnra_PU6_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU6_327-344
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU7_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU7_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU7_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU7_91-108
CI=0.20


[109-126]:
1qnra_PU7_109-126
CI=1.23


[127-144]:
1qnra_PU7_127-144
CI=0.62


[145-204]:
1qnra_PU7_145-204
CI=1.98


[205-236]:
1qnra_PU7_205-236
CI=1.83


[237-306]:
1qnra_PU7_237-306
CI=3.55


[307-326]:
1qnra_PU7_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU7_327-344
CI=0.00


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU8_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU8_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU8_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU8_91-108
CI=0.20


[109-126]:
1qnra_PU8_109-126
CI=1.23


[127-144]:
1qnra_PU8_127-144
CI=0.62


[145-164]:
1qnra_PU8_145-164
CI=0.18


[165-204]:
1qnra_PU8_165-204
CI=1.33


[205-236]:
1qnra_PU8_205-236
CI=1.83


[237-306]:
1qnra_PU8_237-306
CI=3.55


[307-326]:
1qnra_PU8_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU8_327-344
CI=0.00


Level 9
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU9_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU9_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU9_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU9_91-108
CI=0.20


[109-126]:
1qnra_PU9_109-126
CI=1.23


[127-144]:
1qnra_PU9_127-144
CI=0.62


[145-164]:
1qnra_PU9_145-164
CI=0.18


[165-187]:
1qnra_PU9_165-187
CI=0.24


[188-204]:
1qnra_PU9_188-204
CI=0.31


[205-236]:
1qnra_PU9_205-236
CI=1.83


[237-306]:
1qnra_PU9_237-306
CI=3.55


[307-326]:
1qnra_PU9_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU9_327-344
CI=0.00


Final level 10

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-25]:
1qnra_PU_1-25
CI=2.25


[26-57]:
1qnra_PU_26-57
CI=1.24


[58-90]:
1qnra_PU_58-90
CI=2.89


[91-108]:
1qnra_PU_91-108
CI=0.20


[109-126]:
1qnra_PU_109-126
CI=1.23


[127-144]:
1qnra_PU_127-144
CI=0.62


[145-164]:
1qnra_PU_145-164
CI=0.18


[165-187]:
1qnra_PU_165-187
CI=0.24


[188-204]:
1qnra_PU_188-204
CI=0.31


[205-236]:
1qnra_PU_205-236
CI=1.83


[237-254]:
1qnra_PU_237-254
CI=0.60


[255-270]:
1qnra_PU_255-270
CI=0.00


[271-306]:
1qnra_PU_271-306
CI=2.23


[307-326]:
1qnra_PU_307-326
CI=1.78


[327-344 ]:
1qnra_PU_327-344
CI=0.00