Webserver

 

OREMPRO

Outil pour l’évaluation structurelle des domaines de protéines transmembranaires.

ORION

ORION (Optimized protein fold RecognitION) est une méthode optimisée pour la détection et la reconnaissance du repliement des protéine

iPBA

iPBA est un outil performant de superposition et de mining de structures protéiques basé l’utilisation d’un alphabet structural.

MulPBA

mulPBA est un outil efficace pour la comparaison de structures multiples de protéines basée sur la similitude de conformation locale.

Protein Block Expert (PBE)

Serveur web d’analyse de la structure des protéines utilisant un alphabet structural.

PredyFlexy

PredyFlexy prédit à partir de la séquence: (i) la série de longs prototypes structuraux (LSP), un alphabet structural sophistiqué et (ii) la flexibilité des protéines, cette dernière étant défini à partir de données provenant de des structures obtenus par diffraction aux rayons X et simulation de dynamique moléculaire.

VLDP

VLDP est un outils créé pour déterminer les contacts protéiques, l’accessibilité et le volume des résidues en utilisant des diagrammes de Laguerre.

SWORD

Un algorithme de partitionnement capable de produire de multiples assignation de domaines alternatifs pour une structure protéique donnée.

Protein Peeling 3D

Une approche pour séparer une structure protéiques 3D en fragments compacts.

Protein Peeling

Une approche pour séparer une structure protéiques 3D en fragments compacts.

COUDES

Outil pour la prédiction des types de coudes inter feuillets-β dans une protéine ou une séquence peptidique.

LOCPRED

Outil pour la prediction structurale locale de la séquence peptidique à partir d’un alphabet structural.

 

Database

 

RESPIRE

Une base de données des structures protéiques présentes dans les globules rouges.

TMPL

Une base de données de structures de protéines transmembranaires (α-hélicoïdal et feuille β) positionnée dans la bicouche lipidique.

PolyprOnline

Polypronline est un serveur web dédié à l’assignation des hélices polyproline de type II .

PTM-SD

PTM-SD offre l’accès à des protéines pour lesquelles des modifications post-traductionnelles sont expérimentalement annotées et structurellement résolues.

MitoGenesisDB

La Base de données MitoGenesisDB porte sur l’analyse des protéines mitochondriales.

DoSA

DoSA (Base de données d’alignements structuraux) fournit des alignements structuraux et de séquences de protéines homologues, alignements optimisés au niveaux des régions très variables.

ANALYCYS*

Base de données sur la conformation et la conservation des ponts disulfures dans des domaines protéiques homologues.

PB-PENTAPEPT

PB-PENTAPEPT est une plate-forme qui combine une base de données et quelques outils dédiés aux pentapeptides dans les structures des protéines.

 

Software

 

Maiden

MAIDEN (Model quality Assessment for Intramembrane Domains using an ENergy criterion) is a statistical potential (or pseudo-energy function) optimized on native membrane protein structures.

Orion

ORION is a new profile-profile fold recognition approach that relies on a better description of the local protein structure to boost distantly protein detection.

ANVIL

ANVIL (Assignment aNd VIsualization of the Lipid bilayer) is aimed at assigning membrane boundaries to a protein 3D structure.

PredyFlexy software

PredyFlexy predicts from the sequence: (i) the series of Long Structural Prototypes (LSPs), a sophisticated structural alphabet and (ii) the protein flexibility.

KAKSI

KAKSI is a software dedicated to the assignment of classical repetitive secondary structure.

 
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