Enseignements

UE et détails d’UE du M2 Biologie-Informatique

Les experts et intervenants de haut niveau issus des plus importants laboratoires parisiens et de la région Île de France qui participent à la formation assurent à ce Master une couverture des plus grands thèmes de la Bioinformatique. Afin d’offrir aux étudiants des bases scientifiques et professionnelles solides et dans le but d’assurer une intégration et une insertion rapide dans tout type d’organisation, des enseignements spécialisés en communication et en connaissance du monde professionnel sont proposés.

Enfin de nombreux projets répartis tout au long de l’année permettent aux étudiants de mettre en oeuvre  et  renforcer les connaissances acquises au fur et à mesure de la formation.

Les enseignements se répartissent en trois grands groupes :

  • Les enseignements méthodologiques:

– Programmation (et base de données) (UE1, UE1-2)

– Statistiques et optimisation (UE2)

  • Les enseignements de Science Bioinformatique (qui recouvrent les 3 grands domaines de la bioinformatique):

– Bioinformatique Génomique, Protéomique et Transcriptomique (UE3 et UE5)

– Bioinformatique Structurale (UE4)

– Bioinformatique Systémique et Intégrative (UE5)

  • Les enseignements de Communication et d’Initiation au monde professionnel (UE8, UE2-2)

UE 0 Remise à Niveau en Informatique (RNI) et

Outils Informatiques en Bioinformatique (OIB)

Responsables : Patrick Fuchs et Pierre Poulain

Contenu des enseignements:

Débutants:

Bases des systèmes UNIX

Introduction à la programmation en langage Python

Introduction à la programmation en langage C

Statistiques et langage R

Avancés:

Programmation avancée en Python

Projet de programmation scientifique

UE 2 Approches méthodologiques en bioinformatique (AMB)

Responsables : Frédéric Guyon et Anne-Claude Camproux

Contenu des enseignements :

Méthodes d’Analyses de Données et Méthodes d’Expérimentation in silico en Biologie (MAD)

Méthodes Avancées de Bioinformatique (MAB)

Techniques d’Apprentissage Avancé en Bioinformatique (TAAB)

UE 3 Bioinformatique Génomique et Génomique Fonctionnelle (BGGF)

Responsables : Philippe Dessen et Gaëlle Lelandais

Contenu des enseignements :

Etude Comparative des Génomes (ECG)

Analyses des Séquences et Phylogénie moléculaire (ASP)

Annotation des Génomes Microbiens (AGM)

Annotation Structurale et Fonctionnelle des Génomes Eucaryotes (AGE)

Approches biologiques et bioinformatiques du transcriptome (ABT)

Bioinformatique du Génome et du Transcriptome (BGT)

UE 4 Bioinformatique Structurale (BS)

Responsables : Catherine Etchebest et Patrick Fuchs

Contenu des enseignements :

Structure des Interactions Macromoléculaires (SIM)

Analyse et Prédiction des Structures Macromoléculaires (PSM)

Approche Expérimentales de l’étude des macromolécules (AEM)

Structure et Dynamique des Systèmes Macromoléculaires (SDSM)

Analyse et Prédiction des Structures (APS)

« Drug Design » et Criblage in silico (DDCI)

Simulation des Processus Dynamiques et Thermodynamiques (SPDT)

UE 5 Bioinformatique Intégrative Systémique et Protéomique (BISP)

Responsables : Jean-Michel Camadro, Denis Mestivier et K. Pakdaman

Contenu des enseignements :

Modélisation en génomique fonctionnelle : construction et analyse dynamique des modèles de réseaux de gènes (ARG)

Biologie Systémique (BSY)

Protéomique (PEO)

Modélisation par agents (MA)

UE 8 Communication (COM)

Responsables : Catherine Etchebest, Gisèle Danglot et Jean-Christophe Gelly

Contenu des enseignements :

Analyse et présentation d’articles scientifiques

Construire un réseau professionnel

Technique de communications orale et écrites

Simulation d’entretien

Anglais professionnel

UE 6 Options et projet de recherche (OPR)

Responsable : Catherine Etchebest

UE 7 Projets de BioInformatique et de BioAnalyse (PBiBa)

Responsable : Jean-Christophe Gelly

Contenu des enseignements :

Projet BioInformatique en Perl

Projet d’Annotation

Projet de Conception de base de données

UE 1-2 Complément de programmation et Bases de données (CPBD):

Responsable : Jean-Christophe Gelly

Contenu des enseignements :

Programmation en Perl

Programmation en C

Programmation en JAVA

Conception de bases de données

UE 2-2 Préparation au Monde Professionnel (PMP)

Responsables : Catherine Etchebest, Gisèle Danglot et Jean-Christophe Gelly

UE 2-3 Stage

Responsables :

Catherine Etchebest, Gisèle Danglot et Jean-Christophe Gelly