Approches méthodologiques en bioinformatique

La première semaine d’enseignement est découpée en 1 semaine et demi de «Méthodes d’expérimentation in silico en Biologie » pour les débutants (non ex-M1BI) et une semaine de « Méthodes avancées de Bioinformatique » (pour les ex-M1BI ou les personnes ayant de l’expérience).

La première semaine 1/2 est donc parallelisée (en fonction des connaissances initiales des étudiants). Le détail de la formation sera précisé lors de la présentation de l’UE.

Méthodes d’expérimentation in silico en Biologie

(Débutants)

Méthodes avancées de  Bioinformatique

(Confirmés)

Rappel d’analyse – Dr Frédéric Guyon (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Traitement du signal – Dr Delphine Salort (Institut Jacques Monod – CNRS – Université Paris Diderot-Paris 7)

Rappel d’algèbre – Dr Delphine Salort (Institut Jacques Monod – CNRS – Université Paris Diderot-Paris 7)

Techniques Numériques I – Dr Frédéric Guyon (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Biostatistiques – Dr Bruno Toupance (Laboratoire Eco-Anthropologie et Ethnologie – Muséum National d’Histoire Naturelle – Université Paris Diderot-Paris 7)

Algorithme génétique – Dr Christelle Reynès (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Simulation de processus stochastique en Biologie – Dr Bruno Toupance (Laboratoire Eco-Anthropologie et Ethnologie – Muséum National d’Histoire Naturelle – Université Paris Diderot-Paris 7) et Pr Anne-Claude Camproux (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Optimisation – Frédéric Guyon (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Carte de Kohonen – Dr Alexandre de Brevern (Dynamique des Systèmes et Interactions des Macromolécules Biologiques – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Réseaux Neuromimétiques – Dr Jean-Christophe Gelly (Dynamique des Systèmes et Interactions des Macromolécules Biologiques – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

L’évaluation de cette semaine sera faite sous forme de compte-rendu de TP.

Débutants

Confirmés

Analyse de données biologiques I –  Pr Anne-Claude Camproux & Dr Leslie Regad (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Techniques Numériques II – Dr Frédéric Guyon (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Analyse de données biologiques II – Pr Anne-Claude Camproux & Dr Leslie Regad (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

La deuxième semaine de « Technique d’apprentissage avancée en Bioinformatique » est commune  à tous.

Tous

Support  Vector Machine – Dr Frédéric Guyon & Pr Anne-Claude Camproux (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Réseaux Bayésien – Dr Jean-Baptiste Denis (Unité Mathématique, Informatique et Génomes – INRA)

Chaîne de Markov cachée ou non – Dr Sophie Schbath (Unité Mathématique, Informatique et Génomes – INRA)

Support  Vector Machine Dr Frédéric Guyon & Pr Anne-Claude Camproux (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

Modèle Bayésien – Dr Grégory Nuel (Mathématique Appliqué à Paris 5 – CNRS – Université Paris Descartes-Paris 5) & Dr Leslie Regad (Molécules Thérapeutiques in Silico – INSERM – Université Paris Diderot-Paris 7)

L’évaluation de cette deuxième semaine sera sous la forme de compte-rendu de TP ou projet.


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