Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-117]:
1elja_PU0_1-117
CI=2.10


[118-261]:
1elja_PU0_118-261
CI=3.96


[262-379 ]:
1elja_PU0_262-379
CI=1.37


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-117]:
1elja_PU1_1-117
CI=2.10


[118-261]:
1elja_PU1_118-261
CI=3.96


[262-334]:
1elja_PU1_262-334
CI=1.37


[335-379 ]:
1elja_PU1_335-379
CI=1.35


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-65]:
1elja_PU2_1-65
CI=2.02


[66-117]:
1elja_PU2_66-117
CI=1.87


[118-261]:
1elja_PU2_118-261
CI=3.96


[262-334]:
1elja_PU2_262-334
CI=1.37


[335-379 ]:
1elja_PU2_335-379
CI=1.35


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-65]:
1elja_PU3_1-65
CI=2.02


[66-117]:
1elja_PU3_66-117
CI=1.87


[118-261]:
1elja_PU3_118-261
CI=3.96


[262-288]:
1elja_PU3_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU3_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU3_335-379
CI=1.35


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-65]:
1elja_PU4_1-65
CI=2.02


[66-117]:
1elja_PU4_66-117
CI=1.87


[118-157]:
1elja_PU4_118-157
CI=1.09


[158-197]:
1elja_PU4_158-197
CI=2.54


[198-261]:
1elja_PU4_198-261
CI=1.05


[262-288]:
1elja_PU4_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU4_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU4_335-379
CI=1.35


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-65]:
1elja_PU5_1-65
CI=2.02


[66-117]:
1elja_PU5_66-117
CI=1.87


[118-157]:
1elja_PU5_118-157
CI=1.09


[158-197]:
1elja_PU5_158-197
CI=2.54


[198-244]:
1elja_PU5_198-244
CI=0.89


[245-261]:
1elja_PU5_245-261
CI=1.43


[262-288]:
1elja_PU5_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU5_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU5_335-379
CI=1.35


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1elja_PU6_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1elja_PU6_17-33
CI=0.00


[34-65]:
1elja_PU6_34-65
CI=0.29


[66-117]:
1elja_PU6_66-117
CI=1.87


[118-157]:
1elja_PU6_118-157
CI=1.09


[158-197]:
1elja_PU6_158-197
CI=2.54


[198-244]:
1elja_PU6_198-244
CI=0.89


[245-261]:
1elja_PU6_245-261
CI=1.43


[262-288]:
1elja_PU6_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU6_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU6_335-379
CI=1.35


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1elja_PU7_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1elja_PU7_17-33
CI=0.00


[34-65]:
1elja_PU7_34-65
CI=0.29


[66-117]:
1elja_PU7_66-117
CI=1.87


[118-157]:
1elja_PU7_118-157
CI=1.09


[158-197]:
1elja_PU7_158-197
CI=2.54


[198-226]:
1elja_PU7_198-226
CI=0.91


[227-244]:
1elja_PU7_227-244
CI=0.10


[245-261]:
1elja_PU7_245-261
CI=1.43


[262-288]:
1elja_PU7_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU7_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU7_335-379
CI=1.35


Final level 8

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-16]:
1elja_PU_1-16
CI=0.00


[17-33]:
1elja_PU_17-33
CI=0.00


[34-65]:
1elja_PU_34-65
CI=0.29


[66-117]:
1elja_PU_66-117
CI=1.87


[118-139]:
1elja_PU_118-139
CI=0.49


[140-157]:
1elja_PU_140-157
CI=1.55


[158-197]:
1elja_PU_158-197
CI=2.54


[198-226]:
1elja_PU_198-226
CI=0.91


[227-244]:
1elja_PU_227-244
CI=0.10


[245-261]:
1elja_PU_245-261
CI=1.43


[262-288]:
1elja_PU_262-288
CI=0.07


[289-334]:
1elja_PU_289-334
CI=1.49


[335-379 ]:
1elja_PU_335-379
CI=1.35