Protein Peeling

Results

announcement

19/01/2005 -new version
15/08/2005 -new help

Parameters choosen


R-value: 95

Minimal size of secondary structure: 8

Minimal size of protein unit: 16

Maximal size of protein unit: 0

Pruning tree ? No   CI cut-off:  0.2

Cut-off distance between atom: 8

Delta value in logistic function: 1.5



Hierarchical process of splitting



Tree
Contact Matrix



Visualisation of Protein units at all levels


Level 0
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-103]:
1odza_PU0_1-103
CI=2.65


[104-142]:
1odza_PU0_104-142
CI=2.44


[143-379 ]:
1odza_PU0_143-379
CI=3.18


Level 1
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU1_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU1_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU1_104-142
CI=2.44


[143-379 ]:
1odza_PU1_143-379
CI=3.18


Level 2
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU2_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU2_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU2_104-142
CI=2.44


[143-363]:
1odza_PU2_143-363
CI=3.40


[364-379 ]:
1odza_PU2_364-379
CI=0.00


Level 3
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU3_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU3_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU3_104-142
CI=2.44


[143-238]:
1odza_PU3_143-238
CI=2.54


[239-363]:
1odza_PU3_239-363
CI=3.25


[364-379 ]:
1odza_PU3_364-379
CI=0.00


Level 4
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU4_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU4_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU4_104-142
CI=2.44


[143-162]:
1odza_PU4_143-162
CI=0.92


[163-238]:
1odza_PU4_163-238
CI=2.49


[239-363]:
1odza_PU4_239-363
CI=3.25


[364-379 ]:
1odza_PU4_364-379
CI=0.00


Level 5
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU5_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU5_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU5_104-142
CI=2.44


[143-162]:
1odza_PU5_143-162
CI=0.92


[163-238]:
1odza_PU5_163-238
CI=2.49


[239-318]:
1odza_PU5_239-318
CI=2.98


[319-351]:
1odza_PU5_319-351
CI=2.02


[352-363]:
1odza_PU5_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU5_364-379
CI=0.00


Level 6
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU6_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU6_31-103
CI=3.60


[104-142]:
1odza_PU6_104-142
CI=2.44


[143-162]:
1odza_PU6_143-162
CI=0.92


[163-238]:
1odza_PU6_163-238
CI=2.49


[239-318]:
1odza_PU6_239-318
CI=2.98


[319-335]:
1odza_PU6_319-335
CI=2.08


[336-351]:
1odza_PU6_336-351
CI=1.14


[352-363]:
1odza_PU6_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU6_364-379
CI=0.00


Level 7
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU7_1-30
CI=0.19


[31-103]:
1odza_PU7_31-103
CI=3.60


[104-126]:
1odza_PU7_104-126
CI=2.52


[127-142]:
1odza_PU7_127-142
CI=1.16


[143-162]:
1odza_PU7_143-162
CI=0.92


[163-238]:
1odza_PU7_163-238
CI=2.49


[239-318]:
1odza_PU7_239-318
CI=2.98


[319-335]:
1odza_PU7_319-335
CI=2.08


[336-351]:
1odza_PU7_336-351
CI=1.14


[352-363]:
1odza_PU7_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU7_364-379
CI=0.00


Level 8
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU8_1-30
CI=0.19


[31-64]:
1odza_PU8_31-64
CI=2.41


[65-103]:
1odza_PU8_65-103
CI=2.75


[104-126]:
1odza_PU8_104-126
CI=2.52


[127-142]:
1odza_PU8_127-142
CI=1.16


[143-162]:
1odza_PU8_143-162
CI=0.92


[163-238]:
1odza_PU8_163-238
CI=2.49


[239-318]:
1odza_PU8_239-318
CI=2.98


[319-335]:
1odza_PU8_319-335
CI=2.08


[336-351]:
1odza_PU8_336-351
CI=1.14


[352-363]:
1odza_PU8_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU8_364-379
CI=0.00


Level 9
PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU9_1-30
CI=0.19


[31-64]:
1odza_PU9_31-64
CI=2.41


[65-103]:
1odza_PU9_65-103
CI=2.75


[104-126]:
1odza_PU9_104-126
CI=2.52


[127-142]:
1odza_PU9_127-142
CI=1.16


[143-162]:
1odza_PU9_143-162
CI=0.92


[163-191]:
1odza_PU9_163-191
CI=0.92


[192-207]:
1odza_PU9_192-207
CI=0.56


[208-238]:
1odza_PU9_208-238
CI=0.97


[239-318]:
1odza_PU9_239-318
CI=2.98


[319-335]:
1odza_PU9_319-335
CI=2.08


[336-351]:
1odza_PU9_336-351
CI=1.14


[352-363]:
1odza_PU9_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU9_364-379
CI=0.00


Final level 10

PU
Molecule needs Java 1.4 Structure


[1-30]:
1odza_PU_1-30
CI=0.19


[31-64]:
1odza_PU_31-64
CI=2.41


[65-103]:
1odza_PU_65-103
CI=2.75


[104-126]:
1odza_PU_104-126
CI=2.52


[127-142]:
1odza_PU_127-142
CI=1.16


[143-162]:
1odza_PU_143-162
CI=0.92


[163-191]:
1odza_PU_163-191
CI=0.92


[192-207]:
1odza_PU_192-207
CI=0.56


[208-238]:
1odza_PU_208-238
CI=0.97


[239-259]:
1odza_PU_239-259
CI=0.43


[260-275]:
1odza_PU_260-275
CI=0.80


[276-318]:
1odza_PU_276-318
CI=1.24


[319-335]:
1odza_PU_319-335
CI=2.08


[336-351]:
1odza_PU_336-351
CI=1.14


[352-363]:
1odza_PU_352-363
CI=0.29


[364-379 ]:
1odza_PU_364-379
CI=0.00